18 октября 1937 года на основании Постановления Совета Народных Комиссаров о расширении сети военно-морских учебных заведений была издана Директива о формировании 3-го Военно-морского училища РККА.

Основу первого набора училища в 1937-1938 годах составили курсанты ВМУ им. Фрунзе. 30 января 1938 года после окончания 1-го семестра 329 курсантов-первокурсников училища имени М.В. Фрунзе из Ленинграда специальным поездом прибыли во Владивосток. 5 мая 1939 года 3-е ВМУ переименовано в Тихоокеанское военно-морское училище.

​ В соответствии с Постановлением Совета Народных Комиссаров от 5мая 1940 года, приказом народного комиссара ВМФ 10 июня 1940 года училище переведено в разряд высших и стало называться ТОВВМУ. 3 февраля – 18 марта 1941 г. в училище проведены первые государственные экзамены.

21 апреля 1954 года указом Президиума Верховного Совета СССР, в связи с пятидесятилетием со дня гибели выдающегося русского флотоводца и талантливого ученого вице-адмирала Степана Осиповича Макарова, Тихоокеанскому высшему военно-морскому училищу было присвоено его имя.

В настоящее время в училище действуют два факультета:

Кораблевождения и минно-торпедного вооружения;
Среднего профессионального образования.
​

В июне 2020 года курсанты училища приняли участие в военном параде, посвящённом 75-й годовщине Победы в Великой Отечественной войне, в городе Москве.

За историю училища было произведено 77 выпусков. 14 июня 2014 года состоялся единственный в истории училища выпуск военнослужащих-женщин.

В стенах прославленного учебного заведения подготовлено более 20 тысяч офицеров, из которых более 240 стали адмиралами. В мирное время 7 выпускников училища получили звания Героя Советского Союза, 1 – Героя Социалистического Труда, 6 – Героя Российской Федерации.

178 выпускников окончили училище с золотой медалью.